Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 447,225 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 447,225 | 0 | A | T | 98.8% | 583.1 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.06e-02 | |||||||||||
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* | CP042583 | 447,226 | 0 | G | C | 98.8% | 571.0 / ‑4.5 | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (141/105); minor base T (1/2); total (142/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 447,227 | 0 | C | G | 99.6% | 586.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (142/108); total (142/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
ACAGGCAAAAAAATATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCA‑TCGATACCGTAATCGCCACATTAACA‑CTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATAGCGTCA‑GTTTAATGATTATTAGTCGAAAACTCAGCGAAAGTGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGAAGCGGCGGATGCGGGGATCGCGCAGGCGATTATGCAGCAGCTTGAAGAGGCGCTAAAACAACTGGCGCAGGGGAGTGGCAGCAGCCAGGCGTTGACGCAGGTGCGTCGC > CP042583/446948‑447506 ||| gCAAAAAAATATAGTTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCA‑TCGATACCGTAATCGCCACATTAACA‑CTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCA‑GTTTAATGa > 1:960071/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |