| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,950,542 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (115/132); total (115/132) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,950,544 | 0 | T | A | 99.6% | 593.9 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/132); minor base C (1/0); total (115/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGATTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGGCTGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACACTCATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCACTGCGCAGGGAAACGCAGAATTCGCTTTGTTGTAAACTGAGATAGCCCGCAG > CP042583/1950267‑1950820 ||| cGGCCTCAATCGGTGGCGGATAGAGATTTGCCACCGACGTGGCGGAGGTCACAACCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTc < 2:854763/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |