Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 447,246 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 447,246 | 0 | A | T | 99.6% | 580.5 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (137/109); total (137/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 447,247 | 0 | G | C | 98.0% | 574.1 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/107); minor base A (0/5); total (137/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 447,248 | 0 | T | A | 99.6% | 589.0 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (137/111); total (137/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TTAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATAGCGTCAGTTTAATGATTATTAGTCGAAAACTCAGCGAAAGTGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGAAGCGGCGGATGCGGGGATCGCGCAGGCGATTATGCAGCAGCTTGAAGAGGCGCTAAAACAACTGGCGCAGGGGAGTGGCAGCAGCCAGGCGTTGACGCAGGTGCGTCGCTGGGACAGTGCCTGTCAGAAA > CP042583/446966‑447527 ||| ttAGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCTTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTTCTCGTGCACTTGCCCTGGGTGCAATTTTTAAGCAGTTCTTATGATCCACGCCGTTATTAAAAAAGGGTTTTTTCAGGATTCGTTCAGTTTAATGATTATTTCACGaaaa > 2:1734807/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |