Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,954,241 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,954,241 | 0 | A | T | 100.0% | 563.3 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (119/117); minor base A (0/1); total (119/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,954,243 | 0 | C | G | 99.6% | 561.2 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (119/117); minor base T (0/1); total (119/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
AGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAAC‑AAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCT > CP042583/1953972‑1954520 ||| aGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAAC‑AAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATCaa > 2:778979/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |