| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,954,424 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,954,424 | 0 | A | T | 100.0% | 743.6 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,954,425 | 0 | G | C | 99.0% | 730.8 / ‑3.2 | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/167); minor base A (1/2); total (139/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,426 | 0 | T | A | 100.0% | 746.4 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (139/169); total (139/169) | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
CTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCTATCTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCAAGTTGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACAC > CP042583/1954148‑1954693 ||| gCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTa < 2:1551351/289‑1 (MQ=255) tatTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAatgat < 1:2073223/289‑1 (MQ=255) tGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATCAAAAAATGCTGGTTTAAAATATTATAATCT‑GCACATTATCGAAACCAACT‑CCCCCTCAAATCACAAGATTCAAATGAACTCCTGTTCAAAACACTATTCCCCCCTTCGAAATTAATGACCATTATCCGTGATGAAATTCCTCTTATATTTGAAAAACAATCCATTTTAAAGGTGCTTTTAAATTATgag > 2:1834300/1‑289 (MQ=255) ttAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGaata < 2:645163/289‑1 (MQ=255) 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aTAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAg > 2:178955/1‑289 (MQ=255) aaTTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAatgat < 1:2196133/269‑1 (MQ=255) aaTTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGa > 1:484490/1‑289 (MQ=255) 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tGAAGATATTCTTGAACATATTGTTCAAACCCCACCAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATAATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAATCTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTg < 2:1904195/288‑1 (MQ=255) atatTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATaa < 1:1548667/289‑1 (MQ=255) ttACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGt > 2:2034562/1‑289 (MQ=255) tatTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCttt < 2:1282346/227‑1 (MQ=255) ttAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAAc > 1:1453005/1‑286 (MQ=255) ttAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACcac < 2:1152256/289‑1 (MQ=255) tAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTTGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACcac < 2:557508/288‑1 (MQ=255) tAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACcac < 1:957793/288‑1 (MQ=255) aGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATC‑AAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACA‑TATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGATTCAGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTTCGAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGTCGCTTTCAAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAg > 2:1578449/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |