| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,973,577 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,973,577 | 0 | G | C | 100.0% | 535.6 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (100/126); total (100/126) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,973,578 | 0 | C | G | 99.1% | 526.8 / ‑2.3 | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (98/125); minor base A (1/1); total (100/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,973,579 | 0 | T | A | 99.1% | 532.0 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (100/124); minor base G (0/2); total (100/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGATCCCGGTAG > CP042583/1973297‑1973854 ||| tCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTT‑TTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCa > 1:1042113/1‑289 (MQ=255) 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aaaGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGc > 1:1345932/1‑288 (MQ=255) aTTCATTGGCAGGCCTCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGGTATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGt < 2:822173/288‑1 (MQ=255) ttCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCg > 2:1833873/1‑289 (MQ=255) tCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGa > 1:529047/1‑289 (MQ=255) aggcaTCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGc > 1:1111308/1‑124 (MQ=255) aTCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGATCCCgg > 1:388318/1‑289 (MQ=255) ||| CTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGT‑CAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGATCCCGGTAG > CP042583/1973297‑1973854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |