| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 541,970 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 541,970 | 0 | G | C | 99.5% | 470.9 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 541,971 | 0 | C | G | 100.0% | 466.3 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (103/97); total (103/97) | |||||||||||
| * | CP042583 | 541,972 | 0 | T | A | 99.5% | 471.6 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (103/96); minor base C (0/1); total (103/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCGCTCAGGCTCCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGGCTCAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGTCG‑CGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACAATGCGGTTTTTGCCTGCGGCCGCCAACATCTGCTCACCCTCTTTG‑TCGAGTATGCGCTTGATGTCCGCATTCTTGCCGCGTTTTCCGGCCGGAATTTCAATCAGCTCGAAGGGC > CP042583/541702‑542240 ||| cAATTTGCACATGATAGAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACG‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgccgc < 2:1428383/289‑1 (MQ=255) ttATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcagg < 1:283566/289‑1 (MQ=255) tataCAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcaggc < 1:1262123/289‑1 (MQ=255) ttGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcaggcaggcgaca > 1:869699/1‑284 (MQ=255) 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cGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCCCGGCTCAGCCGCCGCCTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGca > 2:795939/1‑287 (MQ=255) gCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCg < 1:1521082/289‑1 (MQ=255) cGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACA‑AACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGcc < 2:583643/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |