| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 550,409 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 550,409 | 0 | A | T | 99.4% | 387.0 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (91/70); minor base C (1/0); total (92/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,410 | 0 | G | C | 99.4% | 385.6 / ‑5.2 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/70); minor base T (1/0); total (92/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,411 | 0 | T | A | 99.4% | 387.2 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (91/70); minor base C (1/0); total (92/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,412 | 0 | A | T | 100.0% | 390.0 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (92/70); total (92/70) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,413 | 0 | G | C | 100.0% | 386.8 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (92/70); total (92/70) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,414 | 0 | T | A | 99.4% | 386.5 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (91/70); total (92/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
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tattatattTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAATTGATGACCGTGATGAc < 1:1794801/289‑1 (MQ=255) ttatattTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGAACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAATTTATGAACGTTATGACct > 2:2079687/1‑289 (MQ=255) ttCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGAc < 1:1048132/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |