| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 550,457 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 550,457 | 0 | A | T | 100.0% | 439.6 / NA | 184 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 550,458 | 0 | G | C | 100.0% | 440.8 / NA | 184 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (111/73); total (111/73) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,459 | 0 | T | A | 99.5% | 433.5 / NA | 184 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (110/72); total (111/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTAGTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTCCGGATGGGTTTTTTAAGCCGAATGGGCGTACTTAATAACTGGTTGAGCGA > CP042583/550181‑550737 ||| ttGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAAtt < 1:460176/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |