Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 552,574 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 552,574 | 0 | A | T | 100.0% | 491.4 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 552,575 | 0 | C | G | 99.5% | 479.9 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (97/106); minor base T (1/0); total (98/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 552,576 | 0 | T | A | 100.0% | 484.2 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (98/106); total (98/106) |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AGGCGGCGAATTTTACCGAGAAGCAAACTGTTGAACCGGAGCCGCAACCGCAGCCAATGCCCGTTGACGATGGTGGGCCAGGCTGTCTGGGCATCATTAAAATTATTTTCTATATTTTTATCTTTGCTGGTTTGATAGGGAAAATACTCCATCTGTTCGGGTGACAGTCGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCACTGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTT‑CCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGA‑CCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCACTTTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGGCTCGTACTGTGACCATGAATCGCGGA > CP042583/552296‑552855 ||| ggcggcGAATTTTACCGAGAAGCAAACTGTTGAACCGGAGCCGCAACCGCAGCCAATGCCCGTTGACGATGGTGGGCCAGGCTGTCTGGGCATCATTAAAATTATTTTCTATATTTTTATCTTTGCTGGTTTGATAGGGAAAATACTCCATCTGTTCGGGTGACAGTCGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCt > 1:2209174/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |