Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 552,835 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 552,835 | 0 | A | T | 99.6% | 548.5 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 552,836 | 0 | C | G | 99.6% | 542.9 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/120); minor base T (1/0); total (110/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 552,837 | 0 | T | A | 99.1% | 542.2 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (109/118); minor base G (0/2); total (110/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GTTAACATTAATACCACTGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCACTTTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGGCTCGTACTGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCGGACTGCTTAAATAATCAAAGGCATAATTCACCATGGCTTTATCACGCAACGTCGTTTTCTTGGGTTGGCTAATACAGGTAATTGCTGCAACTATAAAAATTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATG > CP042583/552559‑553103 ||| atacctgagCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTTAGTGACCATGAATCGCGGaaa > 2:1706207/9‑289 (MQ=255) 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tatTGATCATTGTCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCg < 2:845366/289‑1 (MQ=255) atTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCgg > 2:1909788/1‑289 (MQ=255) atTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTCCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTTTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCTCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCgg < 1:60037/289‑1 (MQ=255) atgagcatACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCggtgagctt > 1:691595/1‑282 (MQ=255) gagcatACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGCAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGACTGACCATGAATCGCGGAAAGCCCCGTGGCTGCCGGGGTGAATGGAAGAATGCCCGGGGAGCTTaa > 2:1711313/1‑289 (MQ=255) tACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAGGACTGCCCGGTGAGCTTAaataa > 1:1759153/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |