| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 553,248 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 553,248 | 0 | A | T | 100.0% | 421.9 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (100/76); total (100/76) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,249 | 0 | G | C | 100.0% | 418.9 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (100/76); total (100/76) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,250 | 0 | T | A | 100.0% | 425.0 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (100/76); total (100/76) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,251 | 0 | A | T | 100.0% | 421.7 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (100/76); total (100/76) | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,252 | 0 | G | C | 99.4% | 418.2 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (100/75); minor base A (0/1); total (100/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,253 | 0 | T | A | 100.0% | 422.8 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (100/76); total (100/76) | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACAGCCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCAGTAGTTCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCAGCGAGAGAGGGTTGATTTATACCCAATTCGTTGCCCAAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGAGTCGGGTCGGTGTGCTCAACA > CP042583/552993‑553521 |||||| ttGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGAtt < 1:1860995/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |