Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 555,697 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 555,697 | 0 | G | C | 100.0% | 521.0 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 555,698 | 0 | C | G | 99.6% | 520.2 / ‑5.5 | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (102/117); minor base A (1/0); total (103/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 555,699 | 0 | T | A | 99.6% | 527.2 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (103/116); minor base G (0/1); total (103/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATGCTCTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATACTATCCTGTTCCGGGTGCATGGTACTATAAGTTTCTACACGGCTCACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGGCTGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAAGCTGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCG > CP042583/555422‑555978 ||| aaaaTCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGtt < 2:1690658/289‑1 (MQ=255) gCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACgg < 2:2216934/282‑1 (MQ=255) cGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGa < 1:1028506/288‑1 (MQ=255) tctcTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGa > 1:1277439/1‑289 (MQ=255) 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tttAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGtt < 1:895950/288‑1 (MQ=255) tttAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGtt < 1:190885/288‑1 (MQ=255) agggtggagttGATGAGACTACCGCGAGGGTAAATTGTAAATGCGGATAACCGCGGCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCg < 2:390965/280‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |