Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 556,708 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 556,709 | 0 | C | G | 100.0% | 561.5 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (128/104); total (128/104) | |||||||||||
* | CP042583 | 556,710 | 0 | T | A | 99.6% | 558.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/104); minor base C (1/0); total (128/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CGTGAACTTCAATCACCGGCGTGGCGTACTCAAGCACCGTAACGTCAAA‑CGTGCCGCCACCGAGATCAAACACCAGGCTACGGGTATTTTGTTGGGTATGCAGGCCATACGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAA > CP042583/556431‑556988 ||| cgtaaccTTCAATCACCGCCGTGGACTACTCAAGCACCGTAATGTCAAA‑CGTGCCGCCACCGAGATCACACACCAGCGAACGGGTATTTTGTTGGGTATGCAGGCCATACGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATa < 2:1350868/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |