| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 448,473 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 448,473 | 0 | A | T | 98.2% | 526.5 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/106); minor base C (4/0); total (122/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,474 | 0 | G | C | 99.6% | 536.5 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (121/106); total (122/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,475 | 0 | C | G | 99.6% | 528.8 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (120/106); total (122/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTG > CP042583/448199‑448754 ||| ggcggTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCCAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCCGTGGTGAacg > 2:841368/1‑286 (MQ=255) ggcggTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAgcg > 2:1526275/1‑286 (MQ=255) ggcggTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAgcg > 2:1676038/1‑286 (MQ=255) ggcggTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCt < 2:104521/289‑1 (MQ=255) gTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCa > 1:803846/1‑289 (MQ=255) tggctgCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGc < 1:1526275/289‑1 (MQ=255) gctgCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCCTGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACCCCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTCCGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCACGTGCGCGTGTTGCTGCTTGCTGTCGTGATTTGCTTCGGTTCCACCGCCTATCCTGCCGCCTCTCTGCTGAGGGCCTTGCcaactgcc > 2:1431976/1‑283 (MQ=255) 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ttACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATa < 2:803846/289‑1 (MQ=255) tACTTGCCGTACACCTTGGCTTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCTATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCCTCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATaa < 1:1273018/289‑1 (MQ=255) gCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAAc < 1:1676038/289‑1 (MQ=255) gCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAAc < 1:841368/289‑1 (MQ=255) gcgaacacCTGGGCCGAGAAGCCGACGATACCCGTCACAATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAAc < 2:1214892/284‑1 (MQ=255) cGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTCAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCCGGTGCGCGCCTGGCCAAAAGCCTGGCCCGCGCGTTTCGATCATCCAcg > 2:358993/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |