| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 448,626 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 448,626 | 0 | A | T | 99.2% | 559.2 / ‑4.8 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/114); minor base C (0/2); total (123/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,627 | 0 | G | C | 99.6% | 552.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (123/115); total (123/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,628 | 0 | C | G | 99.6% | 559.3 / ‑3.6 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/115); minor base . (0/1); total (123/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGC‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTA > CP042583/448346‑448899 ||| ccccATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCgg > 2:2210884/1‑289 (MQ=255) tgatCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCGCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCtt > 1:599043/1‑289 (MQ=255) tgatCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGACTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCtt > 1:139477/1‑289 (MQ=255) aCCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTggc > 2:317980/1‑289 (MQ=255) 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cGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTaa > 1:652070/1‑289 (MQ=255) cGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTaa > 1:236410/1‑289 (MQ=255) cGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCCCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGGGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGGTGGCGGCCGCGTGaa > 2:1710325/1‑289 (MQ=255) ccAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGG‑GTTCGCCACCGGACGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATCCa > 2:1067562/1‑288 (MQ=255) ccAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCa > 1:1025650/1‑288 (MQ=255) gATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGGGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTctcgcctg < 2:652070/289‑8 (MQ=255) 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cGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGca < 1:1560683/289‑1 (MQ=255) gcTAACCCGCAAGTGCGGGTGTTCGTGCTGGTTGTCGTGTTTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCTATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGc < 2:731337/289‑1 (MQ=255) taacgcGCAAGTGCGCTTGTTGCGGCTTGATGTCGTGCTTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCaa < 1:2198700/284‑1 (MQ=255) cctcAAGTGGGCGTGTTGCTGGTTGATGTTGTGAGTGGCTGCGGGGCGCCCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAacaca < 2:1796891/286‑1 (MQ=255) ccGCAGGTGCGCGTTTTGCTGCTGGATGGCGTGATTGGCTTCGGTGCGCCCGCCGTTCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTGGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAacaca < 2:1106564/289‑1 (MQ=255) tGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTc > 1:2249847/1‑289 (MQ=255) 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ttGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGTCGCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTa < 1:810231/288‑1 (MQ=255) tGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAgc < 2:203509/154‑1 (MQ=255) tGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAgc > 1:203509/1‑154 (MQ=255) ||| TCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGC‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTA > CP042583/448346‑448899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |