| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 448,674 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 448,674 | 0 | A | T | 99.6% | 540.2 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 448,675 | 0 | G | C | 100.0% | 544.2 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (102/130); total (102/130) | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,676 | 0 | C | G | 100.0% | 549.0 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (102/130); total (102/130) | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGC‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACACTGGCTGGATGTGCAACCGGCTTCTTC > CP042583/448395‑448954 ||| ctcGCCGCTAAACCGCACTTGCGCGTGTTTCTGCTTGATGTCGTGATTCGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCg < 1:2010257/289‑1 (MQ=255) 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aaaaaGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCgg < 1:206994/288‑1 (MQ=255) aaaaaGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGAACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCgg < 1:592702/288‑1 (MQ=255) aaaaaGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGACACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCG‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCgg < 1:1574099/288‑1 (MQ=255) 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tCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACCGTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGTCGCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACActggctgg < 2:346544/269‑1 (MQ=255) ||| CTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGC‑CAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGA‑GTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACACTGGCTGGATGTGCAACCGGCTTCTTC > CP042583/448395‑448954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |