Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 562,432 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 562,432 | 0 | G | C | 99.7% | 672.3 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 562,433 | 0 | C | G | 99.3% | 660.5 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 562,434 | 0 | T | A | 99.3% | 674.1 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (142/142); minor base G (0/2); total (142/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CAAATAGCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCT‑CATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACC‑CAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCGCTCTCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAACA > CP042583/562154‑562712 ||| cAAATAGCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGA‑CATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACC‑CAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt > 1:160274/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |