| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 571,535 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 571,535 | 0 | A | T | 98.7% | 716.3 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 571,536 | 0 | C | G | 99.0% | 702.2 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/156); minor base T (2/1); total (145/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 571,537 | 0 | T | A | 99.7% | 717.2 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/156); minor base G (0/1); total (145/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
AAGTCGTCGAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATACTCAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGACTCAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATACTACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTA > CP042583/571257‑571812 ||| tcgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCCGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 2:1984833/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |