Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 576,568 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 576,568 | 0 | A | T | 98.5% | 641.6 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 576,569 | 0 | G | C | 99.6% | 641.5 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (109/164); total (109/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 576,570 | 0 | C | G | 100.0% | 647.6 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (109/165); total (109/165) |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGG‑CGGGTATCATTACCGG‑TCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTG‑CCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCT‑GGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACG > CP042583/576288‑576847 ||| tGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGAc > 1:281136/1‑289 (MQ=255) tACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTATTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTAAAGCTCCCTAGCGCGGTGCTGCCGGTGACGGCAATGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGAATTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGTTAACCTCGCATTAATCTTCGTAATCGGTTTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAgc > 1:867708/1‑288 (MQ=255) aaCATCGGCAGTACGATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTCACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTTATCTTCGCCATCTGTGTGGCATCCAGCTGTCCGAAAGACAGCGCTGGt > 2:1853912/1‑289 (MQ=255) aaCATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGt > 1:728889/1‑289 (MQ=255) aTCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTgcg > 2:522944/1‑289 (MQ=255) gCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGGAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATTTTCGCCACCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCGGGTgcggcgg > 1:1022148/1‑289 (MQ=255) gTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTgcggcggc > 1:492740/1‑287 (MQ=255) 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tcGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTgcggcg < 2:603334/232‑1 (MQ=255) tcGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGGGACCATCaa > 1:1414784/1‑288 (MQ=255) gTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAAccc < 1:1765100/289‑1 (MQ=255) 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tCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGG‑CGGGTATCATTACCGG‑TCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTG‑CCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCT‑GGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACg < 1:1540803/289‑1 (MQ=255) tCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGG‑CGGGTATCATTACCGG‑GCTGGTTGGTGGCGCCGCCTATAACCGGTTGTCCCATATTAAAATTTCGGACTTTCTGAGCCTTTTCCGCCGCAAACGCCTTTTT‑CCCATTTCCCCCCGGTTCTTCTTCCTGGGTGCTGCCGCCCTTTTTGGGTTA‑GTTTTGCCGCCGGttcctgccc > 2:1676004/1‑281 (MQ=255) ccAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGG‑CGGGGATCATTACCGG‑TCTGGGTGGGGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTTCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTTGGCGGCAAACGCTTTGTG‑GCGATTGGCACCGGAGGTTTTTGCCC‑TGTGCTGGGGGGCATTTTTGGGTATGTCTTGGCGCCGGGACAGCACg > 1:1943578/1‑288 (MQ=255) ||| TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTT‑ACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGG‑CGGGTATCATTACCGG‑TCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTG‑CCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCT‑GGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACG > CP042583/576288‑576847 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |