| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 452,261 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 452,262 | 0 | C | G | 99.7% | 741.9 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (153/163); total (154/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 452,263 | 0 | T | A | 99.0% | 739.1 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (152/158); minor base C (1/2); total (154/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATG‑CTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATA > CP042583/451981‑452540 ||| cGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGatt > 1:407894/1‑289 (MQ=255) gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGCTTGATCATCACCGACGGATTATTcacc > 2:1628430/1‑286 (MQ=255) tAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTgg > 2:491210/1‑289 (MQ=255) aGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGtt < 1:2242034/289‑1 (MQ=255) 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CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATG‑CTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATA > CP042583/451981‑452540 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |