Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 597,040 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 597,040 | 0 | G | C | 99.6% | 594.2 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 597,041 | 0 | C | G | 99.6% | 598.0 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (128/125); minor base A (0/1); total (128/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 597,042 | 0 | T | A | 98.4% | 587.9 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (126/122); minor base C (2/2); total (128/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AGAAAACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACC‑GGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCGCTTGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGTTGCGCTCGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTAATGCGCTACC‑GCGCACCGTATCACCTTCACGAATCAAGCTACCATTGGCCTGCCAGGGAAACCACCATTG > CP042583/596762‑597321 ||| agaaAACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACC‑GGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTc < 1:1117107/288‑1 (MQ=255) aaaCTTTCAGCTTCCCTGGAGGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGAGTTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACC‑GGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCAc < 1:1742542/287‑1 (MQ=255) accTTTCAGCTTCCCCCGTGGCGGGGAGGGAGTTTGTTCCAGCAGCGGATGGGGGTCGGGACTTAAGGTTTCGTTATTCTTCAAGTTGCACCAGCTCAAGATTGAGTTAAACATTGTATACAACC‑GGCTGTCCGTTATATTTCTCCTGCGCTTGTTGACTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTATCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAg < 2:905276/287‑1 (MQ=255) cTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACC‑GGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGtt < 2:741545/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |