| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 452,468 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 452,468 | 0 | G | C | 98.9% | 662.1 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 452,469 | 0 | C | G | 99.6% | 650.6 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (140/139); total (141/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 452,470 | 0 | T | A | 99.6% | 658.4 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/139); minor base C (1/0); total (141/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGGCTCACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAACA > CP042583/452194‑452747 ||| gCAGATGCACCGGCGGCATTTTCCGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGCCGGATTATTCACCACTGGTTG‑GGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCtt < 2:1196312/287‑1 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gCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGAc > 1:346225/1‑288 (MQ=255) gCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCCACGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCCCGTAAACGCCATTGACCGCGATCGTCATAacccaaccgtcgac > 2:2138680/1‑277 (MQ=255) tCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCt < 1:793453/289‑1 (MQ=255) tCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACAAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTACCACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCt > 1:534226/1‑289 (MQ=255) gCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAac < 1:2059072/270‑1 (MQ=255) gCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAAc > 1:1340708/1‑289 (MQ=255) ||| GCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGGCTCACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAACA > CP042583/452194‑452747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |