| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 607,455 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 607,455 | 0 | A | T | 97.1% | 628.1 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/146); minor base C (8/0); total (127/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 607,456 | 0 | G | C | 99.6% | 645.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (127/145); minor base A (0/1); total (127/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 607,457 | 0 | T | A | 99.6% | 639.4 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (125/146); total (127/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGCGTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCACCAC > CP042583/607176‑607735 ||| tGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCAc < 1:1927314/289‑1 (MQ=255) cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCATCGTTTAACGCGTAAACGCCCGCAGAACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGGGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCCCATGCAGCCCCGCtc > 2:778185/1‑288 (MQ=255) cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACTCCCGCAGCACGGGATGCGCCGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGCTCCCCCGTGCATGGTCCCATGCAGCACCCAtc > 2:1194514/1‑288 (MQ=255) cgTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGCATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCGTGCAGCCCCGAtc > 2:1394010/1‑288 (MQ=255) 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ccgccgGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCTCGCAGGATGCATTCTGGCGTTCGCCCTGGCAGCTTAGCTCGCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTa < 2:1097253/270‑1 (MQ=255) ccgccgGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCTCGCAGGATGCATTCTGGCGTTCGCCCTGGCAGCTTAGCTCGCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAAc > 1:297859/1‑289 (MQ=255) ccgccgGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAATCGAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCTCGCAGGATGCATTCTGGCGTTCGCCCTGGCAGCTTAGCTCGCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAAc > 1:1174828/1‑289 (MQ=255) ||| ATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAG‑CGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTGCTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGCGTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCACCAC > CP042583/607176‑607735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |