Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 612,814 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 612,814 | 0 | A | T | 99.7% | 794.9 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (171/161); total (173/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 612,815 | 0 | C | G | 99.7% | 794.5 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (173/160); minor base A (0/1); total (173/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 612,816 | 0 | T | A | 99.7% | 794.4 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (172/160); minor base G (1/0); total (173/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
AATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGACTTTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAACTGGAAATCAACGGCACCACCGCAATGCCAAAATGGTTGGTGTAG‑TCGAGATTGCCCTGAACCGGAATATCTGCCACGCCATCGGTGCTGACCATCAGGCGTGGTTCATTGGTGGAGCTGCGGCGATGAAATGCTGCACCATATTGGGTTGCGGTGAAAGAACCGCT > CP042583/612534‑613092 ||| tGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTaa > 1:299390/1‑288 (MQ=255) ttCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATCCCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTACCCTATc > 1:752496/1‑289 (MQ=255) tctcTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATc > 1:914887/1‑288 (MQ=255) aattaatGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTAGGATGACGTTAACGTCTGTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTACCCCATCGCGCCTTCACTc > 2:1864957/1‑288 (MQ=255) ttaagGACAAGTTAAAAGCAGGCGTTTGGTAGTGTCTTCCAGACGTTCTAGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAAt < 2:1928870/285‑1 (MQ=255) ggTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTtga > 2:284249/1‑289 (MQ=255) aaaTCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGAc > 1:2258214/1‑289 (MQ=255) ggCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGttt > 1:2179857/1‑287 (MQ=255) tttccTTCCAGACGTTCTGGTAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTa < 1:85791/285‑1 (MQ=255) tCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATTACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAg > 1:1550803/1‑288 (MQ=255) 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aTGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACg < 1:1625813/268‑1 (MQ=255) aTGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg > 2:2178836/1‑289 (MQ=255) tGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGt > 1:2136815/1‑289 (MQ=255) 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tGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTgg > 1:471232/1‑289 (MQ=255) ggTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTACGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAACTGGaa > 1:367825/1‑289 (MQ=255) ggTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAACTGGaa > 2:864688/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |