Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 613,159 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 613,159 | 0 | A | T | 99.7% | 760.2 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 613,160 | 0 | C | G | 99.1% | 749.6 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (153/162); minor base T (2/1); total (155/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 613,161 | 0 | T | A | 99.7% | 757.5 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (154/163); minor base C (1/0); total (155/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAACTGGAAATCAACGGCACCACCGCAATGCCAAAATGGTTGGTGTAGTCGAGATTGCCCTGAACCGGAATATCTGCCACGCCATCGGTGCTGACCATCAGGCGTGGTTCATTGGTGGAGCTGCGGCGATGAAATGCTGCACCATATTGGGTTGCGGTGAAAGAACCGCTCCAGCTGCTGCTGACGGAACTGTAATCACTGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCACTACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCAGCTCATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGGCTAATGCTCAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAAACTCGTGCTAATGCTGATATCTCTCCAGTCACCA > CP042583/612879‑613438 ||| cgacGGGTAAGACATTCATGTTCACGGCCACGGTGGAAGGCTGGGAACTGGAAATCAACGGCAACACCGCAATGCCAAAATGGTTGGTGTAGTCGAGATTGCCCTGAACCGGAATATCTGCCACGCCATCGGTGCTGACCATCAGGCGTGGTTCATTGGTGGAGCTGCGGCGATGAAATGCTGCACCATATTGGGTTGCGGTGAAAGAACCGCTCCAGCTGCTGCTGACGGAACTGTAATCACTGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAg < 2:2142630/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |