Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 617,192 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 617,192 | 0 | A | T | 99.6% | 674.6 / ‑5.8 | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 617,193 | 0 | C | G | 100.0% | 673.6 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (138/142); total (138/142) | |||||||||||
* | CP042583 | 617,194 | 0 | T | A | 100.0% | 673.3 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (138/142); total (138/142) |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CTGTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTACTAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTACTACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGAC > CP042583/616917‑617469 ||| gagTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTa < 2:1016756/286‑1 (MQ=255) gagTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCGCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTATAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTGTGAACCGAGAGTa < 2:2071299/286‑1 (MQ=255) cgcgACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGat < 2:2014112/289‑1 (MQ=255) gcgACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGata < 1:1061380/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |