| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 620,670 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 620,670 | 0 | A | T | 99.7% | 750.1 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (158/157); minor base G (0/1); total (158/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 620,671 | 0 | G | C | 100.0% | 751.0 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (158/158); total (158/158) | |||||||||||
| * | CP042583 | 620,672 | 0 | C | G | 99.4% | 757.5 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (158/156); minor base T (0/2); total (158/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TGAAAACTGGCTGTGCCACTCCCTGTATCTGCCAGAGAGCGAATCCATGACGCGCCGAAGCGTCAACATGGAACCGAAACTGCGCCCGGCATTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGC > CP042583/620390‑620958 ||| cTGGCTGTGCCACCCCCGGTATCTGCCAGGGGCGGCAGCCATGACGCGCCGAAGCGTAAACATGGAACCGAAACTGCGCCCGGCATTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTcc < 2:2021255/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |