Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 622,443 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 622,443 | 0 | A | T | 99.2% | 570.8 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (99/141); minor base G (1/1); total (100/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 622,444 | 0 | G | C | 99.6% | 565.0 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (100/141); total (100/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 622,445 | 0 | C | G | 99.2% | 568.7 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (100/140); minor base T (0/2); total (100/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGCTGAAGGTCTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCAGCCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCAC > CP042583/622166‑622723 ||| cTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATg < 1:659748/289‑1 (MQ=255) cTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACACAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATg > 1:302200/1‑289 (MQ=255) ttGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGAAGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATgg < 1:88055/289‑1 (MQ=255) tACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTgg > 1:1002588/1‑289 (MQ=255) tACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTgg > 1:2152012/1‑289 (MQ=255) tACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCAACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTgg > 1:1618251/1‑289 (MQ=255) aCCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGGAAAACGCGTCTCGCTGGAAGCGGGTGACGCGTTAATCCCGGTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGt < 2:895813/289‑1 (MQ=255) aCCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGt > 1:1108880/1‑289 (MQ=255) gcgcAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGCACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAACACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACCTAAAGAACACCTCGGCACGGTTGACGTGAAATACCACCTGGGCGTCTCGTCTGCCTTCCAGACCGATGGCGGCCGTGTGCa > 2:532999/1‑286 (MQ=255) gcgcAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTACACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAAGACCACAGGGGCTTCGCGCCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCGCGTGccac > 2:1478261/1‑285 (MQ=255) gcgcAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCa > 1:1241909/1‑286 (MQ=255) gcgcAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCa > 1:592505/1‑286 (MQ=255) aagtCCCGGGCGCAAAACGCTTCTCGCGGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGGGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACctggcgct < 2:550770/286‑1 (MQ=255) aaTTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACctggcgct < 1:1311288/289‑1 (MQ=255) aaTTCCCTGGCGCAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCCGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCTCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACctggcgct < 2:1531836/289‑1 (MQ=255) atcacccggCGCAAAACGCGTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTGAAAGAGATGAGCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACctggcgctg < 2:1239233/282‑1 (MQ=255) 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cAAAACGCTTCTCGCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGAGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAAccc > 1:615782/1‑289 (MQ=255) tcgcTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTg < 1:959034/286‑1 (MQ=255) cgcTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTga < 1:510860/287‑1 (MQ=255) gcTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAACTACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGCCCTGGTGCACCTGGCCCCGCCGTTTAACCCGTCTCACCTTgtg > 2:1853337/2‑287 (MQ=255) aCGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACctggcgct > 1:377366/1‑250 (MQ=255) cagATTCTTAAAGAGGTGATCCGCCACGCTGGCAACCACTGCACCCGCTACGTGGTTCTCCGGATGGCGCAACTTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGCACGTACTGGGTAAAAACCCGCAAGACTTGTTCGACGAGGTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGtt < 2:1618251/287‑1 (MQ=255) gATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGAGGGCGGCCTGGTCCCCCTGGCGCCGCCGGTTAACCCGTCTCATCTTGAGTTTTTAAGCCCGGTAGTTTGCGGTTCt > 2:1603932/1‑289 (MQ=255) aTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGt > 1:166239/1‑285 (MQ=255) aTGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGt > 1:1284521/1‑285 (MQ=255) 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gggCTTCTCGTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTcac > 2:1046990/1‑288 (MQ=255) ||| CGCTGAAGGTCTTGAACGTTACCTCGGCGCAAAATTCCCTGGCGCAAAACGCTTCAGCCTGGAAGGCGGTGACGCGTTAATCCCGATGCTTAAAGAGATGATCCGCCACGCTGGCAACAGCGGCACCCGCGAAGTGGTTCTCGGGATGGCGCACCGTGGTCGTCTGAACGTGCTGGTGAACGTGCTGGGTAAAAAACCGCAAGACTTGTTCGACGAGTTCGCCGGTAAACATAAAGAACACCTCGGCACGGGTGACGTGAAATACCACATGGGCTTCAGCTCTGACTTCCAGACCGATGGCGGCCTGGTGCACCTGGCGCTGGCGTTTAACCCGTCTCACCTTGAGATTGTAAGCCCGGTAGTTATCGGTTCTGTTCGTGCCCGTCTGGACAGACTTGATGAGCCGAGCAGCAACAAAGTGCTGCCAATCACCATCCACGGTGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGAGCAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCAC > CP042583/622166‑622723 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |