| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 632,723 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 632,723 | 0 | A | T | 100.0% | 679.5 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (143/142); total (143/142) | |||||||||||
| * | CP042583 | 632,724 | 0 | G | C | 99.7% | 675.8 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (143/141); total (143/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 632,725 | 0 | C | G | 98.9% | 669.3 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (141/140); minor base T (2/1); total (143/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTAT‑GGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTAGCGGAATTAAAATGCCAGTCCC > CP042583/632445‑633000 ||| cAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTACTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTACCAACGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAAcgc > 2:238589/1‑288 (MQ=255) aGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAAcgcg < 2:615280/288‑1 (MQ=255) cagaCGCGAAACCGCAATGGGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGcc < 2:154384/285‑1 (MQ=255) cGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGcc < 2:707861/288‑1 (MQ=255) gAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGcc < 1:1049655/287‑1 (MQ=255) gAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGcc < 1:1150870/287‑1 (MQ=255) aaCGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGcc > 2:759493/1‑286 (MQ=255) 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ttCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTg > 1:2114488/1‑289 (MQ=255) gAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGgcagc > 1:658099/1‑289 (MQ=255) aGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCaa > 1:1733158/1‑289 (MQ=255) 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ccGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt < 1:882161/289‑1 (MQ=255) ccGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATGTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTATGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGGCAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt < 1:1365598/289‑1 (MQ=255) cGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt > 1:1305625/1‑288 (MQ=255) 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ccGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTAT‑GGAATATGCt < 2:1746391/287‑1 (MQ=255) cagAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTAT‑GGAATATGCTCAACTATGTTGCCt < 2:116773/286‑1 (MQ=255) ccAGCGCCCGGCAATCACCTGGCAAAGGTGGGTTGGTGTTGTTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACACCTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAATGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTAT‑GGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGa < 2:661686/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |