Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 640,970 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 640,970 | 0 | A | T | 99.3% | 697.9 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (151/141); minor base G (1/1); total (154/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 640,971 | 0 | G | C | 99.3% | 693.5 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (152/141); minor base T (2/0); total (154/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 640,972 | 0 | C | G | 99.7% | 700.6 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (153/142); total (154/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TTGTTCCTTTCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGC > CP042583/640689‑641249 ||| tCCTTTCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTg < 1:1062021/289‑1 (MQ=255) tttCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAAc > 1:1384111/1‑289 (MQ=255) ttCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACa > 2:1988592/1‑289 (MQ=255) gTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAg > 1:488602/1‑289 (MQ=255) ggCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTg > 1:394505/1‑288 (MQ=255) ggggggCCTGGTGGGGAGCCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGTTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGCTCGCGCTCGGCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTgg < 2:1165600/286‑1 (MQ=255) gCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTgg < 2:804043/288‑1 (MQ=255) gCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTgg < 1:1530346/288‑1 (MQ=255) ggTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTGAt > 1:1332637/1‑288 (MQ=255) ggCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGc > 2:1548348/1‑269 (MQ=255) cACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCa > 1:530925/1‑289 (MQ=255) cACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCC‑GGTAGTGCGTAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATTAACTTGTTGACACTGCCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACACGTACCAAGTGAACAAGCAGTCTCTGCGGTATGCTGCTCAt > 2:1810201/1‑289 (MQ=255) ccTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTgg > 1:299349/1‑270 (MQ=255) cTGAATATATTGCACGCGTCCTGGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAAATTAACCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACACCCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATAc < 2:916458/289‑1 (MQ=255) tGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATAcc < 1:1562959/289‑1 (MQ=255) aGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGc < 1:61465/288‑1 (MQ=255) tatTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCa < 2:501497/287‑1 (MQ=255) agacagcGTTGCTGCTGACTTGGGTAACAGCGGTAGATTTAGTCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatg < 2:689588/281‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAgt < 1:565307/288‑1 (MQ=255) 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tgACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCg < 1:1888090/246‑1 (MQ=255) ttGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGAcc > 1:2063855/1‑288 (MQ=255) ttGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCg > 1:803711/1‑289 (MQ=255) 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gTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCa > 2:855582/1‑220 (MQ=255) aaTTTAATGCGTTAGATCGCGGTCGTCTGCCACAGCAGCGGGGTAGTGCGCAGGAAGAACAACCAGCTGCATGGTCCGTACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACGGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAACACTGACCGGCATTAAAGGTGCGtt < 2:559137/289‑1 (MQ=255) aaTTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGtt < 1:1344968/289‑1 (MQ=255) 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TTGTTCCTTTCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGC > CP042583/640689‑641249 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |