Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 661,822 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 661,822 | 0 | A | T | 99.1% | 535.4 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 661,823 | 0 | G | C | 99.1% | 536.4 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (109/121); minor base A (2/0); total (111/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 661,824 | 0 | T | A | 99.1% | 532.1 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (109/119); total (111/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TCAGCCCGGACAAACGTTATCTCTATGTTGGTGTTCGCCCTGAGTTTCGCGTCCTGGCGTATCGTATCGCCCCGGACGATGGCGCACTGACCTTTGCCGCAGAGTCTGCGCTGCCGGGTAGTCCGACGCATATTTCCACCGATCACCAGGGGCAGTTTGTCTTTGTAGGTTCTTACAATGCGGGTAACGTGAGCGTAACGCGTCTGGAAGATGGCCTGCCAGTGGGCGTCGTCGATGTGGTCGAGGGGCTGGACGGTTGCCATTCCGCCAATATCAGTCCGGACAACCGTACGCTGTGGGTTCCGGCATTAAAGCAGGATCGCATTTGCCTGTTTACGGTCAGCGATGATGGTCATCTCGTGGCGCAGGACCCTGCGGAAGTGACCACCGTTGAAGGGGCCGGCCCGCGTCATATGGTATTCCATCCAAACGAACAATATGCGTATTGCGTCAATGAGTTAAACAGCAGTGTGGATGTCTGGGAACTGAAAGATCCGCACGGTAATATCGAATGTGTCCAGACGCTGGATATGATGCCGGAAAACTTCTCCGAC > CP042583/661547‑662100 ||| tCAGCCCGGACAATCGTTATCTCTATGTTGTGGTTCGCCCTGAGTTTCTCGTCCTGCCGTATCGTATCGCCCCTTCCTCTCTCGAGCTTCCCTTTTCCGCGTCTGCTCCTCTCCCTTGTAGTCCGACGCCTATTTCCACCGATCACCAGGGGCAGTTTGTCTTTGTAGGTTCTTCCCCTGCGAGTAACGTGAGCGTACCGCGTCTGGAAGATGGCCTGCCAGTGGGCGTCGTCGATGTGGTCGAGGGGCTGGACGGTTGCCATTCCGCCAATATCTCACCGGACAAcc < 2:289400/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |