Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,950,636 | T→C | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,950,636 | 0 | T | C | 99.7% | 743.9 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (175/136); total (175/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGGCTGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACACTCATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCACTGCGCAGGGAAACGCAGAATTCGCTTTGTTGTAAACTGAGATAGCCCGCAGAACCGGCGTACCATTCTCGGGTGAACGGTTCGTGACGGGCGATAAACTGTCGCGCCAGATCGCGCGGTAAGCCAGCAACTGCTGCCGTTGGCTGCAACTG > CP042583/1950352‑1950920 | cccAGCGCAAGAGGACCGAACCCACGCTCATCGAAAAGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCAGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTACTATTCCAt < 2:2489973/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |