Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 625,573 | A→G | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 625,573 | 0 | A | G | 99.4% | 1142.0 / NA | 476 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 477 total aligned reads displayed.
GAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAATAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGGGACCACCAATGTAGGTCGGATAAGGCGCAAGCGCCGCATCCGACAAGCGATGCCTGATGTGACGTTTAACGTGTCTTATCAGGCCTACGGGTGACCGACAATGCCCGGAAGCGATACGAAATATTCGGTCTACGGTTTAAAAGATAACGATTACTGAAGGATGGACAGAACACATGAACTTACA > CP042583/625295‑625858 | gAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGt < 1:3030340/289‑1 (MQ=255) tCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGGTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGTTGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCAc < 1:2895164/289‑1 (MQ=255) tGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTGCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCt < 1:2167124/289‑1 (MQ=255) gcccGGTGGTAACTTCACCATCACCAGCGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGCGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTg < 1:1756498/287‑1 (MQ=255) aCCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGc > 1:2823469/1‑289 (MQ=255) accatcaccaACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGAc < 1:510860/283‑1 (MQ=255) caccaACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCa > 1:1079604/1‑289 (MQ=255) 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atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTg < 1:870266/228‑1 (MQ=255) atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCa < 2:3263819/230‑1 (MQ=255) atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCa > 1:3263819/1‑230 (MQ=255) atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTg > 1:2416451/1‑289 (MQ=255) cgccgcAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTa > 2:304382/1‑289 (MQ=255) gccgcAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTAt < 1:668622/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |