| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 437,209 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 437,209 | 0 | A | T | 100.0% | 826.1 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (182/161); total (182/161) | |||||||||||
| * | CP042583 | 437,210 | 0 | G | C | 99.4% | 822.2 / ‑2.7 | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (181/160); minor base A (1/1); total (182/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 437,211 | 0 | T | A | 99.7% | 830.9 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (182/160); minor base C (0/1); total (182/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
ATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGCCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGA > CP042583/436935‑437485 ||| atatAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGta < 1:2955955/289‑2 (MQ=255)atatAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTc < 2:45196/289‑1 (MQ=255)atatAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTc < 1:1596380/289‑1 (MQ=255) cccAAACCACCACGGAACCCGTTTTACGCTGTATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGa < 2:1245185/289‑1 (MQ=255) 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ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATg > 1:2186900/1‑289 (MQ=255) ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATg > 1:2993351/1‑289 (MQ=255) tAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGA‑CCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATgg > 1:2386438/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |