Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 662,945 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 662,945 | 0 | A | T | 99.7% | 863.3 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 662,946 | 0 | C | G | 99.7% | 861.4 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (170/187); minor base T (1/0); total (171/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 662,947 | 0 | T | A | 100.0% | 868.5 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (171/187); total (171/187) |
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
GAGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCGCTAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCT > CP042583/662665‑663224 ||| aTTGCCAGGCCAGGAAGCGCCGAAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAAGATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACg < 1:2088928/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |