| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 663,932 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 663,932 | 0 | A | T | 99.8% | 1092.7 / NA | 451 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (235/215); minor base G (0/1); total (235/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,933 | 0 | G | C | 99.8% | 1076.0 / NA | 451 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (234/216); total (235/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,934 | 0 | C | G | 100.0% | 1082.7 / NA | 451 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (235/216); total (235/216) | |||||||||||
Only 100 of 451 total aligned reads displayed.
AGCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTAGCCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTCCGGCTGAATATCTGGG > CP042583/663652‑664212 ||| aGCGGAACATTTACCCGAAGACAAAACGCCGCGCGAAAAAATATTGATGGCAATTTTGGGTTCCGGTAACGATCTGGATATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCTGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGGAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGtt < 2:638153/289‑1 (MQ=255) ttACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGcgtac > 1:1729898/1‑289 (MQ=255) aCCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTCTGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGCTACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTGGcgtacgt > 1:880370/1‑289 (MQ=255) cccGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGcgtacgta < 1:2505191/289‑1 (MQ=255) aGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGc < 2:1149991/289‑1 (MQ=255) cgcgATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACgg > 2:1229318/1‑289 (MQ=255) gATAAAAATTTGATGGCAATTATGGTTTCCGGTAAGGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGGCCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGt < 2:2572816/288‑1 (MQ=255) aTGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGaa > 1:1234651/1‑288 (MQ=255) aTGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGaa > 2:2829265/1‑288 (MQ=255) aTGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGaa > 1:1849151/1‑288 (MQ=255) tATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCGGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGAtgtg < 2:2758235/289‑1 (MQ=255) cGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAg > 1:2002362/1‑272 (MQ=255) tgcGGTATTGTCGGCGGTAATCCCCTGACCTGTAACGTCGCGCTTGTTAGCCGTTCCTGCGGTCGGCGTGCTGATTGCGATTATCTGTTTGCGCGGGTACTCGTTCATGAGCCACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGTCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCTAGTACg < 2:2116832/287‑1 (MQ=255) aCGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGgtg > 2:3270174/1‑276 (MQ=255) aCGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGgtg < 1:3270174/276‑1 (MQ=255) aCGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGa > 2:2384637/1‑289 (MQ=255) ttGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTa > 2:1056041/1‑288 (MQ=255) ggaggTAAACCACCTACCAGTAAAGGCGTCATTATTGGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCGGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCTATACCACGCCTATCTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGcc < 2:1849151/285‑1 (MQ=255) tAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGc > 2:306575/1‑208 (MQ=255) 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aCTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGc < 1:1329290/289‑1 (MQ=255) aCTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGc < 1:2784420/289‑1 (MQ=255) gACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTc < 2:3285166/256‑1 (MQ=255) gACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTc > 1:3285166/1‑256 (MQ=255) aCCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATg > 1:3187039/1‑247 (MQ=255) aCCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTa > 1:807767/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |