Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 664,910 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 664,910 | 0 | A | T | 99.8% | 1155.6 / NA | 482 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 664,911 | 0 | G | C | 99.8% | 1150.2 / NA | 482 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (224/256); minor base T (0/1); total (224/258) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 664,912 | 0 | T | A | 99.6% | 1147.1 / NA | 482 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (222/257); minor base C (2/0); total (224/258) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 482 total aligned reads displayed.
AGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCA > CP042583/664630‑665189 ||| ttATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTTTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATTCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAtggtgg < 1:1268137/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |