| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 665,741 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 665,741 | 0 | A | T | 99.7% | 801.7 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 665,742 | 0 | G | C | 99.7% | 799.8 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (157/179); total (158/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 665,743 | 0 | C | G | 99.7% | 804.8 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (156/179); minor base A (1/0); total (158/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
AAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCA > CP042583/665465‑666020 ||| ggATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGa < 1:892415/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |