| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 666,673 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 666,673 | 0 | A | T | 99.3% | 685.1 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (146/138); minor base G (0/2); total (146/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 666,674 | 0 | G | C | 99.7% | 681.7 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/139); minor base A (0/1); total (146/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 666,675 | 0 | C | G | 99.7% | 688.9 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/139); minor base T (0/1); total (146/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA‑CCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGATGTGGCGCTGGC > CP042583/666393‑666953 ||| cGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA‑CCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGcc < 2:504182/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |