Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 673,617 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 673,617 | 0 | A | T | 98.7% | 531.0 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 673,618 | 0 | G | C | 99.6% | 535.1 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (108/119); minor base T (0/1); total (108/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 673,619 | 0 | T | A | 99.1% | 534.2 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (106/120); minor base C (2/0); total (108/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TGAACTTTTCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGAGCCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGT > CP042583/673339‑673888 ||| tGAACTTTTCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGa < 1:1003480/289‑1 (MQ=255) gTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGGCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGGGTGGCTTGGCTATTCGCGGGAACTGCTGTTTATCTCTGGTTGCGGCGCTAATGAGGCAGTTATTGCCGGCATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGGCCGGCTTAGCCATGCCTCATTTCTTCACGGTGCCAGTTTAAGCCCgtcccgtct > 2:2358196/1‑281 (MQ=255) tAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTc > 1:1504362/1‑288 (MQ=255) aGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCTGCGCCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCTAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTCATCACGCAGTTATTGCCGCGATTGTGGCGAAAGCTGACCGTATTGCTGCCCACCGGTGTCGCCTTGCCTCATTTGTGGAAGCTCCCCGTGTAGGcccatagcagccgcacc > 2:843430/1‑275 (MQ=255) 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cAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTGCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATtgcttgct < 2:2935965/288‑1 (MQ=255) aTTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTTCGGGCACGTCGGCGGTTATAGCGTGGGGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTcc < 2:2609891/289‑1 (MQ=255) ttGGCATCGGTAGGGGCGGGGCCGTGCACGTCAGCGGTTATGGCGTGGTGAGCAAGGAACTGGAGGAAGAGATGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGAACTGCTGGTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTcccc < 2:1921958/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |