| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 682,937 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 682,937 | 0 | A | T | 100.0% | 981.5 / NA | 409 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 682,938 | 0 | G | C | 99.5% | 956.8 / NA | 409 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (199/205); minor base T (2/0); total (203/206) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 682,939 | 0 | T | A | 99.8% | 983.6 / NA | 409 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (202/206); minor base C (1/0); total (203/206) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
CCTCATCATTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATG > CP042583/682664‑683218 ||| catcatTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCaaaa > 2:1515969/1‑287 (MQ=255) ttttGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAgc < 2:2323575/289‑1 (MQ=255) ttGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAgggg > 1:1250066/1‑286 (MQ=255) ttGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAgcgc < 1:747562/289‑1 (MQ=255) 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atTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTCCAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGGTATTGTGTTATCAGCGATTATTCAACAGCTGAGCGCAGGTGTAAGAACGAttc > 2:1805487/1‑286 (MQ=255) atTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGTTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATGGGTTATTGTGTTATCAGCGATGTTTCAAACGCTAAGTGCAGGGGTAacgcctggcg > 2:1375602/1‑281 (MQ=255) atTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTT‑CACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGc > 2:1710983/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |