| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 438,748 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 438,748 | 0 | A | T | 100.0% | 880.6 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (187/178); total (187/178) | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,749 | 0 | G | C | 99.2% | 858.3 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (184/175); minor base T (2/1); total (187/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,750 | 0 | T | A | 99.5% | 865.8 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (186/175); minor base G (0/2); total (187/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
GGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTG‑TTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCACCGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGC‑GGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACG > CP042583/438471‑439027 ||| ggCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTG‑TTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTTCACTGGTCGGGa > 1:2057414/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |