| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 684,155 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 684,155 | 0 | A | T | 100.0% | 823.4 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 684,156 | 0 | G | C | 100.0% | 812.4 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (182/161); total (182/161) | |||||||||||
| * | CP042583 | 684,157 | 0 | C | G | 99.7% | 823.8 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (181/161); total (182/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
GTAATATATCTGTTTTTACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGAGTGGCATTATCAGCCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCATAGTGAAGAGTTGTGGAGTCCGGTTCGTTGCGCTTTTACAGGTGCATTAACACTCTATTACTATTTTATCGGCTTCTTTGGGATACTTGCCGCGATAGCTATAACGCTTGTCTGGCAAAGGCATACGCGTTTTTTTCATTAACCGTAAATGCA‑CATACTAAAGAACTTAACTAAACTTCACATCGCCGCTTCATTTTTCGCCCGTAGCTTCTTCGCCTGGCTTTCCAGCAACAGG > CP042583/683876‑684433 ||| tttttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCTTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGTCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCt > 1:2125331/1‑287 (MQ=255) tttttACTCTCTTTGGTGGCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCt > 2:1042884/1‑287 (MQ=255) ggCGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTATCATCGTGTTCAGCACTGCGGGCGCGATGTTTTTAATCAGTATGCTGGCCGGTTTATTATTTAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGaaa < 1:3094047/289‑1 (MQ=255) cGATTGTCGTTGCAAGTTTAGTTCCTGTATATGCCATTGTCATCGTGTTCAGCACTGCGGGAGCGCTGTTTTTAATCAGTCTGCTGGCCGGTTTAGTATATAATGTTGATCCTGGTTCTCACCGTTTTATCATTGTGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCAGTGGGATAATAAGTAGCTTAATGATTGTGTTATGGTAAGGCATTATCTCGCCTGGACGAAATAAGCTCCATGAATTGGCGGGGAAAt > 2:2416660/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |