| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 689,895 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 689,895 | 0 | G | C | 99.5% | 895.6 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 689,896 | 0 | C | G | 99.5% | 906.0 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (189/191); minor base T (1/1); total (190/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 689,897 | 0 | T | A | 99.7% | 905.7 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (190/191); minor base C (0/1); total (190/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GTAGCGGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGCTACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTC > CP042583/689613‑690174 ||| gTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGtgtg > 1:2315426/1‑289 (MQ=255) cAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGaa > 1:2581950/1‑289 (MQ=255) aGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGGGTGGGTGAAATCCa > 2:88783/1‑289 (MQ=255) tCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgccg < 1:155593/289‑1 (MQ=255) aaaaGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCt < 1:100744/289‑1 (MQ=255) ccgccccttggTCCTCCGCCGGCTGCATTTCCAGGATCTGCAGGTTCCTTTGGACATCCCCCGTTACAAAGTTGGGGGAATTGGGCTCACTGCCGTCGGTGATACCCGGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCCCCGGAATAACCCCCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCg < 2:762859/277‑1 (MQ=255) tGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGCTCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCCGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGTAATAACCACCAGACCGCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTAc > 1:624558/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |