Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 460,884 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 460,884 | 0 | A | T | 99.7% | 850.0 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (168/184); total (168/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 460,885 | 0 | G | C | 99.7% | 847.2 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (167/185); minor base A (1/0); total (168/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 460,886 | 0 | T | A | 100.0% | 856.9 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (168/185); total (168/185) |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATAGTGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACAGGAAGTGATATTTTCGATGGCGTTGGATTTCGTGGTGTACGGCTTTATTCTTCTGATAATATGTATCCTGATAGCCAGCAAGGGTTTGCCCCAACGGTACGTGGGATTGCCCGTACGGCGGCCCAGCTAACGATTCGGCAAAATGGTTTTATTATCTATCAAAGCTATGTTTCCCCCGGCGCTTTTGA > CP042583/460604‑461158 ||| gAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGGAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAg < 2:1445562/289‑1 (MQ=255) tACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGaata > 2:3039458/1‑288 (MQ=255) gATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATCATATTg > 1:3060861/1‑289 (MQ=255) aTGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATAtt > 2:2116819/1‑287 (MQ=255) aTGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATAtt < 1:2116819/287‑1 (MQ=255) tGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTgg < 2:2672407/288‑1 (MQ=255) tGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTgg < 1:1362171/288‑1 (MQ=255) tGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGGGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAAATATTTTCGCGGAAATGGATATCATTAAGAACAGTGGaaaataatttgc > 2:1343967/1‑279 (MQ=255) gCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCa < 1:3284262/289‑1 (MQ=255) cacaATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGcc > 1:2196751/1‑286 (MQ=255) cacaATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCAcc < 2:544316/289‑1 (MQ=255) tttGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAgc > 1:279785/1‑289 (MQ=255) ttGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAgcg < 1:2304212/289‑1 (MQ=255) gATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCAc > 2:2504150/1‑264 (MQ=255) tGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCt < 1:2012517/289‑1 (MQ=255) gAACATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGt > 1:1583828/1‑289 (MQ=255) cATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGaa < 1:2184250/289‑1 (MQ=255) cATCACTATTCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGaa < 2:1663135/289‑1 (MQ=255) ttCCTCAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAgcg < 1:2379969/256‑1 (MQ=255) tCAGATAGCTGTTG‑TGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGGCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGga < 2:1877172/289‑1 (MQ=255) cAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAgcg < 2:2332814/251‑1 (MQ=255) cAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAgcg > 1:2332814/1‑251 (MQ=255) cAGATAGC‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGgag > 1:1689542/1‑289 (MQ=255) c‑GTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTgg < 1:2684894/229‑1 (MQ=255) gttgAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACa > 2:1480862/1‑289 (MQ=255) 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cTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACAGGAAGTGatat > 1:3216619/1‑289 (MQ=255) aCGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAgcg < 1:1740174/226‑1 (MQ=255) ttACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACAGGAAGTGATATTTTCGa < 1:1480862/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |