| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 697,740 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 697,740 | 0 | A | T | 99.7% | 752.8 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (159/152); minor base T (1/1); total (160/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 697,742 | 0 | T | A | 99.4% | 744.8 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (159/152); minor base C (1/1); total (160/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697462‑698021 ||| ttGTTATGCCCCGGATGCGCGTGAAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCTGCCTTTGTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACACCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACTGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGATCTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGa < 2:2361538/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |