| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 717,411 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 717,411 | 0 | A | T | 99.7% | 848.1 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 717,412 | 0 | G | C | 99.7% | 833.0 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (177/174); total (179/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 717,413 | 0 | C | G | 100.0% | 848.5 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (179/174); total (179/174) | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGT > CP042583/717133‑717691 ||| cTGGGGTGGAATTGGCTGGGGCTGTAGATCGGCTGTCGGTGGGGGATGGAGTTCAAGCAGGAGCTGTGTGGAGTAGTGCTTGTGGCGGAGGGTTTTTGGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTTGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTGTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGAGTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTg < 2:3155896/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |