Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 726,893 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 726,893 | 0 | A | T | 99.4% | 738.5 / ‑4.0 | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 726,894 | 0 | G | C | 99.4% | 729.0 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (150/159); minor base T (1/1); total (151/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 726,895 | 0 | C | G | 99.4% | 743.0 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (150/160); total (151/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
ACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGAGCGC‑GCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGTATTGATGCTCAGGGCGGTAGCGGCATTCAGACTGTGACCGACTTACACCAGTTATTGAAAATGCATGCGCCGCAGGCGAAAGTGCTGGCAGCGAGTTTCAAAACCCCGCGTCAGGCGCTGGACTGCTTACTGGCAGGATGTGAAAGTATTACTCTGCCACTGGATGTGGCACAACAGATGATTAGCTATCCGGCGGTTGATGCCGCTGTGGCGAAGTTTGAGCAGGACTGGCAGG > CP042583/726614‑727172 ||| cTAACCCACGCATTGTCGGCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGTCGGC‑GCTGGc < 2:530441/289‑1 (MQ=255) cTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGTCGGC‑GCTGGc < 2:1855317/289‑1 (MQ=255) aTTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGTCGGC‑GCTGGCAGGTGCGGa < 1:1719870/287‑1 (MQ=255) tCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCGGAAGGGATTCCGACGCTGGGAACCGCGGTATATGGCGCAGCACAAGGGCTGCTGTCGGC‑GCTGGCAGGt > 2:1425790/1‑278 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |