Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 733,918 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 733,918 | 0 | A | T | 99.2% | 922.2 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 733,919 | 0 | G | C | 99.7% | 916.0 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (180/206); total (181/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 733,920 | 0 | C | G | 99.7% | 933.6 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (181/206); total (181/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
GACTTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAAAGCCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGAGCGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGT‑GCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTA > CP042583/733640‑734191 ||| ttacTGGCTACGGCACTGAAAACTAAAGAGCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATGTAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGGCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCAAACAGGAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGT‑GCTGGTGtt < 2:1161732/286‑1 (MQ=255) aGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGT‑GCTGGTGTTTTTATTTGt > 1:1908369/1‑288 (MQ=255) tGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGT‑GCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCg > 1:1621487/1‑289 (MQ=255) gCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGT‑GCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGcc < 1:105558/289‑1 (MQ=255) 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GACTTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAAAGCCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGAGCGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGT‑GCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTA > CP042583/733640‑734191 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |